Po predanju, manastir Presvete Bogorodice podigli su Nemanjići, a car Dušan je u njemu pričestio svoju vojsku 1330. godine, neposredno pre bitke kod Velbužda.
Današnji hram podignut je u vreme niškog mitropolita Grigorija 1833. godine, a ktitor manastira bio je ugledni niški trgovan kir Kosta Todorović.
Manastir je razoren u vreme niške bune 1841. godine. Ovaj manastir je pred oslobođenje Niša 1877. godine bio stecište zaverenika niškog komiteta koji su predvodili Nikola Rašić i prota Petar Ikonomović. Oružje koje je tajno prenošeno iz Srbije u periodu od 1874. do 1877. godine sakrivano je u manastiru.
Crkva je obnovljena 1873. godine, kada je dograđen drveni trem, a Crkva freskopisana.
Na južnoj strani zapadnog zida nalazi se portret kir Koste Todorovića. 31. oktobra 1909. godine, na molbu meštana sela Gabrovac, manastir je pretvoren u parohijsku Crkvu, odlukom Svetog arhijerejskog sabora.